Jest łatwe do opanowania, choć jak chcesz trzepać dłuuuugie kombosy, to trzeba trochę poćwiczyć. Ale umiejętność ultra sprawnego poruszania się po mieście zyskasz bardzo wcześnie, bo to bardzo proste. Nawet moja dwunastoletnia siostra lubiła pobiegać po wieżowcach
W walce jest bardzo ciekawy patent, a mianowicie koliste menu wyboru skilla. W czasie gdy jest ono aktywne, czas znacznie zwalnia, co bardzo dobrze wygląda i pomaga. Aktywuje się je chyba na "R", chociaż nie jestem pewien gdyż sterowałem w znacznym stopniu intuicyjnie
Przydatne jest też namierzanie ("TAB"), gdzie można "oznaczyć" sobie dowolnego przeciwnika. To ułatwia np. wypalenie rakiety do helikoptera. Warto też wspomnieć, że w czasie gry zyskujesz coś podobnego do punktów XP, dzięki czemu możesz wykupić i ulepszać wybrane skille. Jest tego naprawdę dużo, i grając w Prototype twój Alex będzie pewnie zupełnie inaczej walczył niż mój.