Co do pierwszego pytania:
Na dysku C: systemu, który został zainstalowany jako pierwszy, znajduje się plik boot.ini (żeby go zobaczyć trzeba wejść w Narzędzia -> Opcje Folderów, tam zakładka Widok, a tam należy odznaczyć pozycję "Ukryj chronione pliki systemu operacyjnego (zalecane)" i potwierdzić, że chce się to zrobić)
Potem należy zmodyfikować wpis w pliku boot.ini
Ale: domyślam się, że stara (w sensie poprzednia) instalacja systemu Windows XP, to jest ta wersja, która jest be i będzie usuwana. Problem w tym, że jak się z niej usunie pliki takie jak ntldr, boot.ini i kilka innych, to się potem wogóle żadnego systemu nie uruchomi
Nie próbowałem nigdy tego robić, ale skopiowanie tych plików do nowej instalacji powinno rozwiązać ten problem, tyle że nie gwarantuje efektu
2. Co do pytania drugiego:
Najłatwiej zrobić tak - ściągnąć i zainstalować ten program:
http://ixolite.info/pliki/startup_manager.exe
Uruchomić tenże program, znaleźć wpis pod tytułem MSMSGS (obok będzie ścieżka "C:\Program Files\Messenger\msmsgs.exe" /background) i po zaznaczeniu tego wpisu kliknąć w czerwonego X na górze ekranu programu, lub kliknąć na wpis prawym przyciskiem myszki i wybrać opcję Disable.
Po ponownym uruchomieniu nie powinien się włączać. W ten sam sposób można potraktować wszystkie programy, których nie chce się uruchamiać w czasie startu systemu. Można też łatwo dodać dzięki temu programikowi nowe, jak na przykład BOINCa